یک پیشگویی در اوکیناوا که نابودی زمین را پیش‌بینی می‌کند، با ظهور دوباره گودزیلا و بازگشت او به ریشه‌های ویرانگرش به حقیقت می‌پیوندد. اما پس از اینکه گودزیلا فک متحد خود، آنگیروس را می‌شکند، مشخص می‌شود که همه چیز آن‌طور که به نظر می‌رسد نیست. اوضاع زمانی پیچیده‌تر می‌شود که گودزیلای دوم ظاهر می‌شود و فاش می‌کند که همزاد او در واقع یک سلاح مکانیکی است.

گورو ایبوکی مخترع، یک ربات انسان‌نما به نام جت جگوار می‌سازد. این ربات به زودی توسط یک نژاد زیرزمینی از مردم به نام سیتوپیایی‌ها ربوده می‌شود. سیتوپیایی‌ها با استفاده از جت جگوار به عنوان راهنما، مگالون را برای انتقام از آزمایش‌های هسته‌ای که جامعه آن‌ها را ویران کرده است، می‌فرستند.

یک درام جنایی ساخته کمپانی توهو که به تجارت مواد مخدر می‌پردازد.